按照南京地铁之前公布的走向，宁溧城际线路自机场线禄口新城南站接出后，与宁高城际二期共线，在S340前进行分叉。随后，于S243交叉附近，拐向南沿S123布置，于溧水交通路交叉附近拐向东，沿交通路布置，至宁杭城际铁路溧水站，全线设有8站（其中预留一站）。而日前，南京地铁建设指挥部在回答网友问询时证实，宁溧城际方案又新增了一个车站。

最新的宁溧城际工程可行性研究方案显示，宁溧城际线路接出点为宁高城际一期工程禄口机场站，线路向东沿纬八路向东北方向下穿宁高高速，再上跨S123省道，向南拐入规划二十五号路，沿规划二十五号路西侧向东南方向走行，再上跨沂塘拐入二十五号路路中，沿规划二十五号路路中走行，在野山南侧拐入淳溧公路，沿淳溧公路路中走行，然后斜穿竹山，上跨宁杭高速公路，拐入秦淮路，向南穿越溧水主城区，在秦淮路与外环路交叉口以北路侧设无想山站，到达终点。

宁溧城际全线将设9座车站，分别为禄口机场站、机场东站、柘塘站、柘塘新区站、金山站（预留）、团山站、溧水站、天生桥大道站、无想山站。与原规划8座车站相比，增加了机场东站。不过，由于宁溧城际目前尚处于前期方案研究阶段，线站位方案尚未最终稳定，具体站点的设置还有再次更改的可能。